Millennium Challenge Account Indonesia (MCA-Indonesia) resmi dibentuk sebagai lembaga wali amanat pengelola Hibah Compact pada 2 April 2013, berdasarkan Peraturan Menteri Negara Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional Nomor 2 Tahun 2012. Pada saat yang bersamaan, Program Compact secara resmi beroperasi di Indonesia.

Pemerintah Indonesia membentuk MCA-Indonesia sebagai institusi pengelola hibah sesuai dengan Perjanjian Hibah Compact.

Sesuai dengan Pedoman Tata Kelola Lembaga Wali Amanat MCA-Indonesia, struktur pengelola Compact adalah sebagai berikut: